3. série

Země nikoho
V hyperprostotu jsou dvě wraithské mateřské lodi, které se blíží k Zemi. Na jedné z nich je však stále Rodney, Ronon a Sheppard, který s X-302 přistál u trupu lodi. Dr. Weirová proto nařídí na lodě zaútočit Orionem a Daedalem. Nebyl by to však McKay, kdyby nepřišel s nějakým nápadem, tentokrát, jak lodě sabotovat. ...

Nechtěné děti
Několik Wraithů se pomocí Beckettova retroviru podaří změnit zpět na lidi tak, že wraithská část je potlačena. Vedení Atlantis se je rozhodne umístit na neobydlenou planetu bez brány, kde budou hlídáni a zkoumáni. Jenže bohužel někteří z bývalých Wraithů začínají něco tušit, dojde jim, že je něco v nepořádku a přestanou brát retrovirus. Tak se změní zpět ve Wraithy. ...

Neodolatelný
Sheppard a jeho tým prozkoumávají další planetu. Tam se setkají s mužem jménem Lucius Lavin, kterého všichni v jeho vesnici zbožňují a milují. Je známý jako obchodník s přírodními léky, a tak Johnovi nabídne, zda by nemohl jít s nimi na Atlantis. Po příchodu do ztraceného města začne mít Lucius na všechny vliv - na Carsona, Zelenku, Weirovou i na ostatní. John mu však nedůvěřuje a proto se vrací na planetu, kde zjišťuje, že Luciuse jeho lidé velmi postrádají a ...

Sateda
Tým pplk. Shepparda je na jedné misi napaden, Rodneymu se podaří utéct na Atlantis, avšak zbytek týmu je zajat. Vesničané jsou nepřátelští obzvlášť k Rononovi, který si uvědomí, že už zde vlastně jednou byl. Dříve, když měl ještě implantované wraithské sledovací zřízení, přivedl do této vesnice nechtěně Wraithy. Vesničané si přejí pomstu, a tak chtějí Ronona vydat Wraithům, kteří jim za něj slíbili ušetření jejich planety. ...

Potomci
Sheppardův tým prochází bránou na další misi a zjistí, že jsou na další z antických základen. Vypadá to, že na planetě žijí Antikové. Přichází tedy i dr. Weirová, ale při odchodu týmu zjistí Oberoth, vůdce rasy Asuranů, že lidé pocházejí z Atlantis. Nechá je tedy zajmout. John a jeho tým zjistí, že Asurany vyvinuli Antikové pro boj s Wraithy, jenže se jim celý experiment vymknul z rukou a rozhodli se tedy Asurany vyhladit. Asurané jsou vlastně lidští replikátoři a chtějí ...

Skutečný svět
Jednoho krásného rána se dr. Elizabeth Weirová probudí v psychiatrické léčebně na Zemi. Neví, jak se sem dostala a kde je zbytek jejího týmu z Atlantis. Je jí řečeno, že vše, co podle ní posledních pár let prožila, je jen výmysl její představivosti a fantazie. Atlantis nikdy neexistovala, nikdo neví nic ani o hvězdné bráně a cestování mezi planetami. Všechno je prý zapříčiněno nadměrným stresem a zhroucením Elizabeth. Je jen na ní, zda tomu uvěří nebo ne. ...

Společný zájem
Na jedné z dalších misí je tým pplk. Shepparda vlákán do léčky. Z ní se podaří všem utéct a dostat se zpět na Atlantis, jen John uvízne. Je chycen Kolyou a uvězněn. Kolya kontaktuje Atlantidu a chce provést výměnu - vůdce Genijů Ladona chce vyměnit za Shepparda. Jenže naráží do zdi, Weirová s výměnou nesouhlasí. S tím však Kolya počítal a tak nechává přivést uvězněného Wraitha, který se na Johnovi začíná krmit. Kolya dává Atlantidě ultimátum, jinak Sheppard zemře. John ...

McKay a paní Millerová
Jeanie Millerová, sestra Rodneyho McKaye, přijde na matematický důkaz, který by vyřešil problém s částicemi. Rodney tedy cestuje na Zemi, aby ji navštívil. Tam ji přemlouvá, že tento důkaz je velmi důležitý a chce po ní, aby s ním odešla na Atlantis. Když je společně s McKayem přenesena na palubu Deadala, je to pro ni šok. Jeanie se dozvídá o hvězdně bráně a Atlantis. Po příletu na Atlantis se jí, Rodneymu a Zelenkovi podaří úspěšně spustit komoru, která čerpá energii ...

Přeludy
Tým majora Leonarda je na misi na jedné planetě, jenže se už dlouho neohlásili. Atlantis tedy vysílá tým pplk. Shepparda, kteří společně s dr. Beckettem mají zjistit, co se stalo. Na planetě naleznou několik mrtvých Geniů, tři mrtvé členy Leonardova týmu a videokameru. Když se podívají na záznam zachycený na kameře, nestačí se divit - vrahem členů Leonardova týmu je sám Leonard. McKay zachytí nějaký energetický signál, který vydává záhadné wraithské zařízení. Všichni z týmu začnou mít halucinace a vidiny. ...

Návrat, 1. část
McKay je na palubě Deadala a chce vyzkoušet mezigalaktický most, který společně s Carterovou vymyslel. Jde vlastně o to, že mezi Zemí a Atlantis je umístěno více jak 30 bran a cestování z jednoho místa na druhé jde snadno a rychle. Při testu se však objeví na blízku nějaká cizí loď. Rodneymu se podaří loď kontaktovat. Ta je antického původu a na palubě se nacházejí Antikové. Mají však nějaké problémy s hyperpohonem, proto požádají, aby je Daedalus přepravil na Atlantis. ...

Návrat, 2. část
Atlantis je pod vedením Antiků. V městě se nachází i gen. O'Neill a Richard Woolsey z I.O.A., kteří mají s Antiky vyjednávat. Jenže město je napadeno replikátory. Tým pplk. Shepparda společně s dr. Weirovou a dr. Beckettem se i přes zákaz SGC vrací jumperem pomocí mezigalaktického mostu zpět na Atlantis. McKay dostane nápad, jak replikátory v Atlantis zlikvidovat. Chce využít Niama - replikátora, který se pohybuje na oběžné dráze. ...

Ozvěny
Na Atlantis se zdá být všechno v pořádku, dokud Teyla nezačne mít zvláštní vidiny. Když se prochází městem, z ničeho nic vídá antickou ženu, která mluví divnou řečí, a popáleného antického pilota. Nikdo jí zprvu nevěří, vyšetření také nic neukáží, jenže později mají vidiny i ostatní členové expedice na Atlantis. Pod vodou se k městu také začnou přibližovat stovky velryb. Co mají ty dvě zdánlivě rozdílné věci společného? McKay nalezne na tuto otázku odpověď - velryby stahující se k městu ...

Bezohledný hrdina
Athosianové Teyle řekli, že na jedné planetě žije superhrdina, který se postavil několika ozbrojeným mužům a všechny je přemohl. Sheppardův tým se tedy vydává na danou planetu. Tady však zjistí, že oním hrdinou je jejich starý známý Lucius Lavin, který zaktivoval antický osobní štít. Jenže na planetě se objeví ještě někdo, koho všichni znají - genijský velitel Kolya. Problémy na sebe nenechají dlouho čekat. ...

Rodneyho povznesení
Vědci v čele s Rodneym McKayem prochází město a snaží se vypnout všechna nepotřebná zařízení, která Antikové na Atlantis aktivovali. Jenže Rodney je náhle zasažen energetickým výbojem z nějakého zařízení. Vše vypadá v pořádku, ale pak McKay zjistí, že má nové schopnosti - slyší vše, co se jen šustne, ovládá telekinezii a umí číst myšlenky. Weirová pomáhá s překladem antických textů spojených s přístrojem. Dozvídá se, že se Rodney musí povznést, jinak zemře. ...

Hra
Po příchodu na Atlantis McKay se Sheppardem objevili záhadnou hru, kterou začali hrát. Jednalo se vlastně o real-time strategii - každý z nich se staral o národ na imaginární planetě. Alespoň si mysleli, že imaginární... Jednoho dne totiž tým majora Lorna navštíví planetu, kde má jeden národ na vlajce obličej McKaye. Planeta totiž byla součástí antického sociologického experimentu, který si však McKay se Sheppardem vyložili jinak. Mezi národy se vedou spory, které mohou vyústit ve válku. Tomu se však musí ...

Archa
Tým pplk. Shepparda prozkoumává vesmírnou stanici zasazenou uvnitř malého měsíce. Po restartu počítače se zjistí, že se uvnitř stanice nachází ještě někdo další, počítač totiž detekuje známky života, i když zde předtím žádné nebyly. Dalším člověkem na stanici je Herick, který měl za úkol zachránit několik tisíc svých lidí pomocí wraithské transportní technologie právě před Wraithy. Jenže něco se pokazilo a tak tu uvízl také. Tým se mu snaží pomoci. ...

Neděle
Je krásná slunná neděle a všichni v expedici na Atlantis mají mít volno. Alespoň to nařídila dr. Heitmayerová, protože si každý musí odpočinout. Elizabeth přijme pozvání na oběd od jednoho z vědců, McKay má schůzku s Katie Brownovou, nechce se mu totiž s dr. Beckettem na ryby. Sheppard je s Rononem, zástupce českého národa dr. Radek Zelenka hraje s několika soupeři šachy a Teyla se jen tak prochází po městě. Jenže najednou se ozve strašná rána, která nedělní klid přeruší. ...

Ponoření
Vědci na Atlantidě zjistí, že se někde na dně oceánu nachází geotermální vrtná stanice. Tu by mohli použít, jako zdroj energie. Proto se Sheppardův tým, dr. Weirová a několik dalších vědců "nalodí" na jumpery a vydají se stanici hledat. Když ji najdou a začnou ji prozkoumávat, Teyla vycítí přítomnost Wraithů. Senzory však žádné známky Wraithů neodhalí. Teyla, aby dokázala, že má pravdu, se pokusí s wraithským návštěvníkem spojit. Jenže je ovládnuta wraithskou královnou a zraní několik lidí. Královna se do ...

Msta
Sheppard, Ronon, McKay a Teyla cestují na jednu planetu, ze které se jim již dlouho nikdo neozval. Zdá se jim to proto divné. Když dorazí do osady, nikde ani živáčka... až na jednoho - McKay totiž objeví jednu známku života v podzemí. Sestupují tedy do podzemních chodeb, kde naleznou spoustu zavražděných a zmasakrovaných těl obyvatelů vesnice. Také zahlédnou nějaké stvoření, které až nápadně připomíná obrovské Eratruské brouky. Zjistí, že Wraith, kterého se snažili "polidštit" - Michael - zde na planetě ...

Zaútočit první
Plukovník Abe Ellis přilétá na Atlantis s novou pozemskou lodí Apollo. Pořídili totiž snímky rozestavěných replikátorských lodí, které určitě staví k útoku na Atlantis. V tom se jim musí zabránit, a tak je naplánován útok jadernými bombami. Ten je úspěšný, jenže poté na orbitu planety, kde je ztracené město Atlantis, přilétá satelit, jenž má i hvězdnou bránu. Ta se aktivuje a skrz ni je na Atlantis vyslán silný energetický paprsek. Město okamžitě aktivuje štíty, ty ale věčně nápor nevydrží. ...